Die Gebrüder Peternell aus Seligenthal bei Schmalkalden bauten die Orgel und stellten sie 1888 auf. Das Orgelgehäuse wurde in „neogotischer Manier“ gehalten. In der Wanfrieder Orgel stecken 1736 Pfeifen aus Zinn, Zink und Holz. Die Orgelwerkstatt Peternell war bekannt für ihre romantisch klingenden Orgeln. Passend zur wunderbaren Ausmalung hob der Klang dieser Orgel die romantische Schönheit der Kirche noch hervor. Nach einem Umbau in den 1960er Jahren wurden die Pfeifen im Stil der Zeit verändert und die romantischen Klänge zurückgenommen. Auch heute noch füllt die „Königin der Instrumente“ mit ihren 26 klingenden Registern, auf zwei Manualen und Pedal den Raum mit Musik der Jahrhunderte aus.

Die Orgel wird nun seit fast 40 Jahren vom Organisten Hans-Jörg Schneider bespielt. Die Gemeinde schätzt seine beherzte und beschwingte Art des Spiels und seine tollen Improvisationen. Gefragt, wann er diese komponiere, sagte er einmal: „Das spiele ich immer so, wie es mit an dem Tag eingegeben wird!“

Die Orgel in Wanfried „Zum Lobe Gottes und zur Erbauung der Gemeinde“ hat 2 Manuale und Pedal, 26 klingende Register und 3 gemischte Stimmen von mehr als zwei Chören.